Τον Απρίλιο του 1902 η Δημογεροντία της Ξάνθης αποφασίζει την ίδρυση Νοσοκομείου της Ελληνικής Ορθόδοξης Κοινότητας Ξάνθης. Το Νοσοκομείο στεγάσθηκε και λειτούργησε ως το 1935 στη θέση που βρίσκεται σήμερα το 3ο Δημοτικό Σχολείο.

Το 1984 μεταφέρθηκε εκτός του τμήματος πλυντηρίων και ραφείων στο χώρο που στεγάζεται σήμερα η Αστυνομία Ξάνθης και ονομάσθηκε Γενικό Νοσοκομείο Ξάνθης.

Το 1984 με ανεπτυγμένες 170 κλίνες στεγάζεται σε ενοικιαζόμενο πολυώροφο κτίριο εμβαδού 4.230m2 λόγω της ανάγκης ανάπτυξης νέων τμημάτων για τη βελτίωση της παρεχόμενης υγειονομικής περίθαλψης. Το 1986 δημοσιεύθηκε ο πρώτος οργανισμός του Νοσοκομείου με 73 κλίνες του παθολογικού τομέα και 97 κλίνες του χειρουργικού τομέα. Ο Παθολογικός τομέας διαρθρώνεται στο Παθολογικό Καρδιολογικό Παιδιατρικό τμήμα και τη Μονάδα προώρων. Ο χειρουργικός τομέας διαρθρώνεται στο Χειρουργικό Ορθοπεδικό Οφθαλμολογικό Ωτορυνολαρυγγολογικό Γυναικολογικό – Μαιευτικό Αναισθησιολογικό και τη Μονάδα Εντατικής Θεραπείας. Ο εργαστηριακός τομέας διαρθρώνεται στο Μικροβιολογικό Βιοχημικό Αιματολογικό Αιμοδοσίας Ακτινοδιαγνωστικό Φαρμακευτικό τμήμα. Τα Διατομεακά τμήματα είναι των Επειγόντων Περιστατικών Τακτικών Εξωτερικών Ιατρείων και Ημερήσιας Νοσηλείας.

Το 1995 έγινε τροποποίηση του οργανισμού του Νοσοκομείου. Στον Παθολογικό τομέα προστίθενται το Β’ Παθολογικό και Νευρολογικό Τμήμα Οι Μονάδες Εμφραγμάτων Τεχνητού Νεφρού και Μεσογειακής Αναιμίας. Στο Χειρουργικό Τομέα Προστίθενται το Β’ Χειρουργικό και το Ουρολογικό Τμήμα. Στον Εργαστηριακό Τομέα Προστίθενται το Παθολογικό -Κυτταρολογικό Τμήμα.

Η θεμελίωση του σημερινού Γενικού Νοσοκομείου έγινε το 1990 και ξεκίνησε την λειτουργία του στις νέες κτιριακές εγκαταστάσεις τον Ιούνιο του 1996 με δύναμη 300 κλινών. Βρίσκεται στις νοτιοδυτικές παρυφές της πόλης και απέχει οδικά 3 χιλιόμετρα περίπου από το κέντρο της πόλης και 700 μέτρα από την Εθνική Οδό προς Καβάλα. Λειτουργεί σε νέο σύγχρονο κτίριο εμβαδού 28.800 τ.μ και εντός οικοπέδου έκτασης 100.545 m2. Το κτιριακό συγκρότημα συνολικού εμβαδού 28.800 m2 έχει τρεις ορόφους και αποτελείται από 11 κτίρια. Τα κτίρια συνδέονται μεταξύ τους με πλέγμα διατμηματικών διαδρόμων και τρεις κόμβους κατακόρυφης επικοινωνίας. Στη δυτική γωνία του οικοπέδου υπάρχει ελικοδρόμιο για την επείγουσα μεταφορά ασθενών ή άλλων αναγκών του νοσοκομείου.

Έχει στην αρμοδιότητά του ένα Κέντρο Ψυχικής Υγείας & δύο Κέντρα Υγείας το Κ.Υ Εχίνου και το Κ.Υ Σταυρούπολης που έχουν στην εποπτεία τους 17 Περιφερειακά Ιατρεία. Αξιοσημείωτο είναι και θα πρέπει να αναφερθεί ότι μετά από ενέργειες της τωρινής Διοίκησης συστάθηκε (ΦΕΚ 1658/29-11-2005 τ. Β') νέο Κέντρο Υγείας στο Δήμο Αβδήρων υποστηρίζοντας την πρωτοβάθμια φροντίδα υγείας και στην νοτιοανατολική πλευρά του νομού στην οποία εντάσσεται και η παραλιακή ζώνη.

Διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.) και υπόκειται στον έλεγχο και την εποπτεία του Διοικητή της Υγειονομικής Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης.