Ιδρύθηκε επίσημα το 1946 ως «Προσωρινό Κρατικό Νοσοκομείο Διδυμοτείχου» δυναμικότητας 40 κλινών με σκοπό την «παροχή ιατρικής αντίληψης στους απόρους πολίτες της επαρχίας Διδυμοτείχου».

Το Νοσοκομείο Διδυμοτείχου αποτελεί από τότε το μοναδικό ίδρυμα παροχής δευτεροβάθμιας υγειονομικής περίθαλψης στον Βόρειο Έβρο καθιστώντας το τον κύριο φορέα της υγειονομικής πολιτικής της χώρας μας σε μια από τις πιο ευαίσθητες περιοχές της.

Εξυπηρετεί σήμερα έναν πληθυσμό που ανέρχεται στους 85.000 κατοίκους και τις ανάγκες δευτεροβάθμιας ιατρικής περίθαλψης του στρατιωτικού προσωπικού της περιοχής. Το ακρότατο σημείο που εξυπηρετεί βρίσκεται στο Ορμένιο στα Ελληνοβουλγαρικά σύνορα και απέχει από το Διδυμότειχο 100 χιλιόμετρα.

Το 1994 το Νοσοκομείο Διδυμοτείχου μεταφέρθηκε σε νέο κτίριο με αποτέλεσμα την αύξηση της δυναμικότητας του νοσοκομείου από 100 σε 150 κλίνες από τις οποίες σταδιακά αναπτύχθηκαν οι 119. Από τα στατιστικά στοιχεία κίνησης των κλινικών είναι φανερό ότι (και με την κατάλληλη στελέχωση) υπάρχουν επιπλέον δυνατότητες αύξησης των διαθέσιμων κλινών.

Το νέο κτίριο του Νοσοκομείου εγκαινιάσθηκε στις 31-7-1995 και το παλαιό μετατράπηκε σε στρατιωτικό νοσοκομείο.

Δεδομένου του πληθυσμιακού μεγέθους και έκτασης της περιοχής των αναγκών της της γεωγραφικής της απόστασης από τα μεγάλα αστικά κέντρα της χώρας μας και της εγγύτητας με την Τουρκία και τη Βουλγαρία είναι εθνική επιταγή η περαιτέρω ανάπτυξη του νοσοκομείου Διδυμοτείχου και η αναβάθμιση και ο εκσυγχρονισμός των ιατρικών υπηρεσιών που παρέχει.

Έχει στην αρμοδιότητά του το Διασυνοριακό Κέντρο Δημόσιας Υγείας Δικαίων (ΔΙΚΕΔΥ) δύο Κέντρα Υγείας (Κ.Υ Ορεστιάδας και Κ.Υ Δικαίων) 19 Περιφερειακά Ιατρεία υπαγόμενα στα Κέντρα Υγείας και ένα Κέντρο ψυχικής υγείας.

Διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.) και υπόκειται στον έλεγχο και την εποπτεία του Διοικητή της Υγειονομικής Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας - Θράκης.